《校园迷糊大王第二季》讲述冢本天满是高中二年级学生，与很多同龄女孩子一样，她也在恋爱着，却一直没能够将自己的心情传达给喜欢的人――同年级的乌丸大路同学。随着时间的推移，乌丸同学将于1年后转校的消息被公开了！紧急事态！！于是天满接受妹妹八云及朋友们的建议，为了告白而化装成为护士，放出了爱的矢书！爱慕着那样傻头傻脑的天满的播磨拳 儿，同样是高中二年级学生（还是个不良少年），无独有偶，播磨的心情也完全无法传达给天满，为了转换心情，播磨将全身心投入到漫画中去以找回告白的感觉，而命运之神却再次戏弄了播磨一番，没想到为播磨所崇拜的漫画家二条丈竟然就是乌丸，最终在目击了天满与乌丸的共进午餐这一幕后，哀伤的播磨开始拒绝上学，并逃离了日本，在悲伤的流浪旅途中，播磨邂逅了自己人生的师父，一位体格健壮的船长，原来船长师父曾经也是一位执着的漫画家，在经过师父的教导与大海上的生死考验后播磨获得了新生，带着从师父那里继承来的骨笔，播磨回到了日本开始画起了魂之漫画，为了成为一个能够独当一面的男人，其目的只有一个：再次鼓起勇气向天满告白！