《新世纪福音战士03版》讲述由庵野秀明 总指挥、角川书店、SEGA、BANDAI等共同组成参与的全新企画制作。突袭世界的大灾难第二次冲击后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇源堂叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇源堂所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为EVA的巨大人造人型生物与使徒战斗。从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。