《噬魂师》讲述死神武器职业专门学校，简称死武专。其学生分为工匠与武器。据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，武器就会进化成最强的死神武器DEATH SCYTHE 以最强的工匠为目标的镰刀工匠玛嘉与其武器SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器工匠BLACK STAR与武器务椿，和死神之子死神德基德与他的武器双枪姐妹。三组少男少女成长的故事，伴随着的是死武专的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开死武专寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。